diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index fac2b685d..c473190e8 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -1,30 +1,30 @@
 *~
-lammps.pdf
 *.o
 *.so
 *.cu_o
 *.ptx
 *_ptx.h
 *.a
+*.d
 *.x
 *.exe
 *.dll
 
 Obj_*
-log.*
-*.log
-
+log.lammps
+log.cite
 *.bz2
 *.gz
 *.tar
 .*.swp
 *.orig
+*.rej
 .vagrant
 
 .DS_Store
 .DS_Store?
 ._*
 .Spotlight-V100
 .Trashes
 ehthumbs.db
 Thumbs.db
diff --git a/src/.gitignore b/src/.gitignore
index 6792f4a40..8c8940c8b 100644
--- a/src/.gitignore
+++ b/src/.gitignore
@@ -1,1002 +1,1007 @@
 /Makefile.package
 /Makefile.package.settings
 /lmp_*
 
 /*_cuda.h
 /*_cuda.cpp
 /*_gpu.h
 /*_gpu.cpp
 /*_intel.h
 /*_intel.cpp
 /*_kokkos.h
 /*_kokkos.cpp
 /*_omp.h
 /*_omp.cpp
 /*_tally.h
 /*_tally.cpp
 
 /kokkos.cpp
 /kokkos.h
 /kokkos_type.h
 
 /manifold*.cpp
 /manifold*.h
 /fix_*manifold*.cpp
 /fix_*manifold*.h
 
 /fix_qeq*.cpp
 /fix_qeq*.h
 
+/compute_test_nbl.cpp
+/compute_test_nbl.h
+/pair_multi_lucy.cpp
+/pair_multi_lucy.h
+
 /colvarproxy_lammps.cpp
 /colvarproxy_lammps.h
 /fix_colvars.cpp
 /fix_colvars.h
 /dump_molfile.cpp
 /dump_molfile.h
 /molfile_interface.cpp
 /molfile_interface.h
 /molfile_plugin.h
 /vmdplugin.h
 
 /intel_buffers.cpp
 /intel_buffers.h
 /intel_intrinsics.h
 /intel_preprocess.h
 /intel_simd.h
 
 /compute_sna_atom.cpp
 /compute_sna_atom.h
 /compute_snad_atom.cpp
 /compute_snad_atom.h
 /compute_snav_atom.cpp
 /compute_snav_atom.h
 /openmp_snap.h
 /pair_snap.cpp
 /pair_snap.h
 /sna.cpp
 /sna.h
 
 /atom_vec_wavepacket.cpp
 /atom_vec_wavepacket.h
 /fix_nve_awpmd.cpp
 /fix_nve_awpmd.h
 /pair_awpmd_cut.cpp
 /pair_awpmd_cut.h
 
 /angle_cg_cmm.cpp
 /angle_cg_cmm.h
 /angle_charmm.cpp
 /angle_charmm.h
 /angle_class2.cpp
 /angle_class2.h
 /angle_cosine.cpp
 /angle_cosine.h
 /angle_cosine_delta.cpp
 /angle_cosine_delta.h
 /angle_cosine_periodic.cpp
 /angle_cosine_periodic.h
 /angle_cosine_shift.cpp
 /angle_cosine_shift.h
 /angle_cosine_shift_exp.cpp
 /angle_cosine_shift_exp.h
 /angle_cosine_squared.cpp
 /angle_cosine_squared.h
 /angle_dipole.cpp
 /angle_dipole.h
 /angle_fourier.cpp
 /angle_fourier.h
 /angle_fourier_simple.cpp
 /angle_fourier_simple.h
 /angle_harmonic.cpp
 /angle_harmonic.h
 /angle_quartic.cpp
 /angle_quartic.h
 /angle_sdk.cpp
 /angle_sdk.h
 /angle_table.cpp
 /angle_table.h
 /atom_vec_angle.cpp
 /atom_vec_angle.h
 /atom_vec_bond.cpp
 /atom_vec_bond.h
 /atom_vec_colloid.cpp
 /atom_vec_colloid.h
 /atom_vec_dipole.cpp
 /atom_vec_dipole.h
 /atom_vec_dpd.cpp
 /atom_vec_dpd.h
 /atom_vec_electron.cpp
 /atom_vec_electron.h
 /atom_vec_ellipsoid.cpp
 /atom_vec_ellipsoid.h
 /atom_vec_full.cpp
 /atom_vec_full.h
 /atom_vec_granular.cpp
 /atom_vec_granular.h
 /atom_vec_meso.cpp
 /atom_vec_meso.h
 /atom_vec_molecular.cpp
 /atom_vec_molecular.h
 /atom_vec_peri.cpp
 /atom_vec_peri.h
 /atom_vec_template.cpp
 /atom_vec_template.h
 /body_nparticle.cpp
 /body_nparticle.h
 /bond_class2.cpp
 /bond_class2.h
 /bond_fene.cpp
 /bond_fene.h
 /bond_fene_expand.cpp
 /bond_fene_expand.h
 /bond_harmonic.cpp
 /bond_harmonic.h
 /bond_harmonic_shift.cpp
 /bond_harmonic_shift.h
 /bond_harmonic_shift_cut.cpp
 /bond_harmonic_shift_cut.h
 /bond_morse.cpp
 /bond_morse.h
 /bond_nonlinear.cpp
 /bond_nonlinear.h
 /bond_quartic.cpp
 /bond_quartic.h
 /bond_table.cpp
 /bond_table.h
 /cg_cmm_parms.cpp
 /cg_cmm_parms.h
 /commgrid.cpp
 /commgrid.h
 /compute_ackland_atom.cpp
 /compute_ackland_atom.h
 /compute_basal_atom.cpp
 /compute_basal_atom.h
 /compute_body_local.cpp
 /compute_body_local.h
 /compute_cna_atom2.cpp
 /compute_cna_atom2.h
 /compute_damage_atom.cpp
 /compute_damage_atom.h
 /compute_dilatation_atom.cpp
 /compute_dilatation_atom.h
 /compute_dpd.cpp
 /compute_dpd.h
 /compute_dpd_atom.cpp
 /compute_dpd_atom.h
 /compute_erotate_asphere.cpp
 /compute_erotate_asphere.h
 /compute_erotate_rigid.cpp
 /compute_erotate_rigid.h
 /compute_event_displace.cpp
 /compute_event_displace.h
 /compute_fep.cpp
 /compute_fep.h
 /compute_force_tally.cpp
 /compute_force_tally.h
 /compute_heat_flux_tally.cpp
 /compute_heat_flux_tally.h
 /compute_ke_atom_eff.cpp
 /compute_ke_atom_eff.h
 /compute_ke_eff.cpp
 /compute_ke_eff.h
 /compute_ke_rigid.cpp
 /compute_ke_rigid.h
 /compute_meso_e_atom.cpp
 /compute_meso_e_atom.h
 /compute_meso_rho_atom.cpp
 /compute_meso_rho_atom.h
 /compute_meso_t_atom.cpp
 /compute_meso_t_atom.h
 /compute_msd_nongauss.cpp
 /compute_msd_nongauss.h
 /compute_pe_tally.cpp
 /compute_pe_tally.h
 /compute_plasticity_atom.cpp
 /compute_plasticity_atom.h
 /compute_spec_atom.cpp
 /compute_spec_atom.h
 /compute_stress_tally.cpp
 /compute_stress_tally.h
 /compute_temp_asphere.cpp
 /compute_temp_asphere.h
 /compute_temp_body.cpp
 /compute_temp_body.h
 /compute_temp_deform_eff.cpp
 /compute_temp_deform_eff.h
 /compute_temp_eff.cpp
 /compute_temp_eff.h
 /compute_temp_region_eff.cpp
 /compute_temp_region_eff.h
 /compute_temp_rotate.cpp
 /compute_temp_rotate.h
 /compute_ti.cpp
 /compute_ti.h
 /compute_voronoi_atom.cpp
 /compute_voronoi_atom.h
 /dihedral_charmm.cpp
 /dihedral_charmm.h
 /dihedral_class2.cpp
 /dihedral_class2.h
 /dihedral_cosine_shift_exp.cpp
 /dihedral_cosine_shift_exp.h
 /dihedral_fourier.cpp
 /dihedral_fourier.h
 /dihedral_harmonic.cpp
 /dihedral_harmonic.h
 /dihedral_helix.cpp
 /dihedral_helix.h
 /dihedral_hybrid.cpp
 /dihedral_hybrid.h
 /dihedral_multi_harmonic.cpp
 /dihedral_multi_harmonic.h
 /dihedral_nharmonic.cpp
 /dihedral_nharmonic.h
 /dihedral_opls.cpp
 /dihedral_opls.h
 /dihedral_quadratic.cpp
 /dihedral_quadratic.h
 /dihedral_table.cpp
 /dihedral_table.h
 /dump_atom_gz.cpp
 /dump_atom_gz.h
 /dump_xyz_gz.cpp
 /dump_xyz_gz.h
 /dump_atom_mpiio.cpp
 /dump_atom_mpiio.h
 /dump_cfg_gz.cpp
 /dump_cfg_gz.h
 /dump_cfg_mpiio.cpp
 /dump_cfg_mpiio.h
 /dump_custom_gz.cpp
 /dump_custom_gz.h
 /dump_custom_mpiio.cpp
 /dump_custom_mpiio.h
 /dump_custom_vtk.cpp
 /dump_custom_vtk.h
 /dump_h5md.cpp
 /dump_h5md.h
 /dump_xtc.cpp
 /dump_xtc.h
 /dump_xyz_mpiio.cpp
 /dump_xyz_mpiio.h
 /ewald.cpp
 /ewald.h
 /ewald_cg.cpp
 /ewald_cg.h
 /ewald_disp.cpp
 /ewald_disp.h
 /ewald_n.cpp
 /ewald_n.h
 /fft3d.cpp
 /fft3d.h
 /fft3d_wrap.cpp
 /fft3d_wrap.h
 /fix_adapt_fep.cpp
 /fix_adapt_fep.h
 /fix_addtorque.cpp
 /fix_addtorque.h
 /fix_append_atoms.cpp
 /fix_append_atoms.h
 /fix_atc.cpp
 /fix_atc.h
 /fix_ave_correlate_long.cpp
 /fix_ave_correlate_long.h
 /fix_bond_break.cpp
 /fix_bond_break.h
 /fix_bond_create.cpp
 /fix_bond_create.h
 /fix_bond_swap.cpp
 /fix_bond_swap.h
 /fix_deposit.cpp
 /fix_deposit.h
 /fix_efield.cpp
 /fix_efield.h
 /fix_eos_cv.cpp
 /fix_eos_cv.h
 /fix_eos_table.cpp
 /fix_eos_table.h
 /fix_evaporate.cpp
 /fix_evaporate.h
 /fix_viscosity.cpp
 /fix_viscosity.h
 /fix_event.cpp
 /fix_event.h
 /fix_event_prd.cpp
 /fix_event_prd.h
 /fix_event_tad.cpp
 /fix_event_tad.h
 /fix_freeze.cpp
 /fix_freeze.h
 /fix_gcmc.cpp
 /fix_gcmc.h
 /fix_gld.cpp
 /fix_gld.h
 /fix_gle.cpp
 /fix_gle.h
 /fix_gpu.cpp
 /fix_gpu.h
 /fix_imd.cpp
 /fix_imd.h
 /fix_ipi.cpp
 /fix_ipi.h
 /fix_langevin_eff.cpp
 /fix_langevin_eff.h
 /fix_lb_fluid.cpp
 /fix_lb_fluid.h
 /fix_lb_momentum.cpp
 /fix_lb_momentum.h
 /fix_lb_pc.cpp
 /fix_lb_pc.h
 /fix_lb_rigid_pc_sphere.cpp
 /fix_lb_rigid_pc_sphere.h
 /fix_lb_viscous.cpp
 /fix_lb_viscous.h
 /fix_load_report.cpp
 /fix_load_report.h
 /fix_meso.cpp
 /fix_meso.h
 /fix_meso_stationary.cpp
 /fix_meso_stationary.h
 /fix_msst.cpp
 /fix_msst.h
 /fix_neb.cpp
 /fix_neb.h
 /fix_nh_asphere.cpp
 /fix_nh_asphere.h
 /fix_nph_asphere.cpp
 /fix_nph_asphere.h
 /fix_npt_asphere.cpp
 /fix_npt_asphere.h
 /fix_nve_asphere.cpp
 /fix_nve_asphere.h
 /fix_nve_asphere_noforce.cpp
 /fix_nve_asphere_noforce.h
 /fix_nh_body.cpp
 /fix_nh_body.h
 /fix_nph_body.cpp
 /fix_nph_body.h
 /fix_npt_body.cpp
 /fix_npt_body.h
 /fix_nvt_body.cpp
 /fix_nvt_body.h
 /fix_nve_body.cpp
 /fix_nve_body.h
 /fix_nvt_asphere.cpp
 /fix_nvt_asphere.h
 /fix_nh_eff.cpp
 /fix_nh_eff.h
 /fix_nph_eff.cpp
 /fix_nph_eff.h
 /fix_nphug.cpp
 /fix_nphug.h
 /fix_npt_eff.cpp
 /fix_npt_eff.h
 /fix_nve_eff.cpp
 /fix_nve_eff.h
 /fix_nve_line.cpp
 /fix_nve_line.h
 /fix_nvt_eff.cpp
 /fix_nvt_eff.h
 /fix_nvt_sllod_eff.cpp
 /fix_nvt_sllod_eff.h
 /fix_nve_tri.cpp
 /fix_nve_tri.h
 /fix_oneway.cpp
 /fix_oneway.h
 /fix_orient_fcc.cpp
 /fix_orient_fcc.h
 /fix_peri_neigh.cpp
 /fix_peri_neigh.h
 /fix_phonon.cpp
 /fix_phonon.h
 /fix_poems.cpp
 /fix_poems.h
 /fix_pour.cpp
 /fix_pour.h
 /fix_qeq_comb.cpp
 /fix_qeq_comb.h
 /fix_qeq_reax.cpp
 /fix_qeq_fire.cpp
 /fix_qeq_fire.h
 /fix_qeq_reax.h
 /fix_qmmm.cpp
 /fix_qmmm.h
 /fix_reax_bonds.cpp
 /fix_reax_bonds.h
 /fix_reax_c.cpp
 /fix_reax_c.h
 /fix_reaxc_bonds.cpp
 /fix_reaxc_bonds.h
 /fix_reaxc_species.cpp
 /fix_reaxc_species.h
 /fix_rigid.cpp
 /fix_rigid.h
 /fix_rigid_nh.cpp
 /fix_rigid_nh.h
 /fix_rigid_nph.cpp
 /fix_rigid_nph.h
 /fix_rigid_npt.cpp
 /fix_rigid_npt.h
 /fix_rigid_nve.cpp
 /fix_rigid_nve.h
 /fix_rigid_nvt.cpp
 /fix_rigid_nvt.h
 /fix_rigid_nh_small.cpp
 /fix_rigid_nh_small.h
 /fix_rigid_nph_small.cpp
 /fix_rigid_nph_small.h
 /fix_rigid_npt_small.cpp
 /fix_rigid_npt_small.h
 /fix_rigid_nve_small.cpp
 /fix_rigid_nve_small.h
 /fix_rigid_nvt_small.cpp
 /fix_rigid_nvt_small.h
 /fix_rigid_small.cpp
 /fix_rigid_small.h
 /fix_shake.cpp
 /fix_shake.h
 /fix_shardlow.cpp
 /fix_shardlow.h
 /fix_smd.cpp
 /fix_smd.h
 /fix_species.cpp
 /fix_species.h
 /fix_spring_pull.cpp
 /fix_spring_pull.h
 /fix_srd.cpp
 /fix_srd.h
 /fix_temp_rescale_eff.cpp
 /fix_temp_rescale_eff.h
 /fix_thermal_conductivity.cpp
 /fix_thermal_conductivity.h
 /fix_ti_rs.cpp
 /fix_ti_rs.h
 /fix_ti_spring.cpp
 /fix_ti_spring.h
 /fix_ttm.cpp
 /fix_ttm.h
 /fix_tune_kspace.cpp
 /fix_tune_kspace.h
 /fix_wall_colloid.cpp
 /fix_wall_colloid.h
 /fix_wall_gran.cpp
 /fix_wall_gran.h
 /fix_wall_piston.cpp
 /fix_wall_piston.h
 /fix_wall_srd.cpp
 /fix_wall_srd.h
 /gpu_extra.h
 /gridcomm.cpp
 /gridcomm.h
 /group_ndx.cpp
 /group_ndx.h
 /ndx_group.cpp
 /ndx_group.h
 /improper_class2.cpp
 /improper_class2.h
 /improper_cossq.cpp
 /improper_cossq.h
 /improper_cvff.cpp
 /improper_cvff.h
 /improper_distance.cpp
 /improper_distance.h
 /improper_fourier.cpp
 /improper_fourier.h
 /improper_harmonic.cpp
 /improper_harmonic.h
 /improper_hybrid.cpp
 /improper_hybrid.h
 /improper_ring.cpp
 /improper_ring.h
 /improper_umbrella.cpp
 /improper_umbrella.h
 /kissfft.h
 /lj_sdk_common.h
 /math_complex.h
 /math_vector.h
 /mgpt_*.cpp
 /mgpt_*.h
 /msm.cpp
 /msm.h
 /msm_cg.cpp
 /msm_cg.h
 /neb.cpp
 /neb.h
 
 /pair_adp.cpp
 /pair_adp.h
 /pair_airebo.cpp
 /pair_airebo.h
 /pair_airebo_morse.cpp
 /pair_airebo_morse.h
 /pair_body.cpp
 /pair_body.h
 /pair_bop.cpp
 /pair_bop.h
 /pair_born_coul_long.cpp
 /pair_born_coul_long.h
 /pair_born_coul_msm.cpp
 /pair_born_coul_msm.h
 /pair_brownian.cpp
 /pair_brownian.h
 /pair_brownian_poly.cpp
 /pair_brownian_poly.h
 /pair_buck_coul_long.cpp
 /pair_buck_coul_long.h
 /pair_buck_coul_msm.cpp
 /pair_buck_coul_msm.h
 /pair_buck_coul.cpp
 /pair_buck_coul.h
 /pair_buck_long_coul_long.cpp
 /pair_buck_long_coul_long.h
 /pair_cdeam.cpp
 /pair_cdeam.h
 /pair_cg_cmm.cpp
 /pair_cg_cmm.h
 /pair_cg_cmm_coul_cut.cpp
 /pair_cg_cmm_coul_cut.h
 /pair_cg_cmm_coul_long.cpp
 /pair_cg_cmm_coul_long.h
 /pair_cmm_common.cpp
 /pair_cmm_common.h
 /pair_cg_cmm_coul_msm.cpp
 /pair_cg_cmm_coul_msm.h
 /pair_comb.cpp
 /pair_comb.h
 /pair_comb3.cpp
 /pair_comb3.h
 /pair_colloid.cpp
 /pair_colloid.h
 /pair_coul_diel.cpp
 /pair_coul_diel.h
 /pair_coul_long.cpp
 /pair_coul_long.h
 /pair_coul_msm.cpp
 /pair_coul_msm.h
 /pair_dipole_cut.cpp
 /pair_dipole_cut.h
 /pair_dipole_sf.cpp
 /pair_dipole_sf.h
 /pair_dpd_mt.cpp
 /pair_dpd_mt.h
 /pair_dsmc.cpp
 /pair_dsmc.h
 /pair_eam.cpp
 /pair_eam.h
 /pair_eam_opt.cpp
 /pair_eam_opt.h
 /pair_eam_alloy.cpp
 /pair_eam_alloy.h
 /pair_eam_alloy_opt.cpp
 /pair_eam_alloy_opt.h
 /pair_eam_fs.cpp
 /pair_eam_fs.h
 /pair_eam_fs_opt.cpp
 /pair_eam_fs_opt.h
 /pair_edip.cpp
 /pair_edip.h
 /pair_eff_cut.cpp
 /pair_eff_cut.h
 /pair_eff_inline.h
 /pair_eim.cpp
 /pair_eim.h
 /pair_gauss_cut.cpp
 /pair_gauss_cut.h
 /pair_gayberne.cpp
 /pair_gayberne.h
 /pair_gran_easy.cpp
 /pair_gran_easy.h
 /pair_gran_hertz_history.cpp
 /pair_gran_hertz_history.h
 /pair_gran_hooke.cpp
 /pair_gran_hooke.h
 /pair_gran_hooke_history.cpp
 /pair_gran_hooke_history.h
 /pair_hbond_dreiding_lj.cpp
 /pair_hbond_dreiding_lj.h
 /pair_hbond_dreiding_morse.cpp
 /pair_hbond_dreiding_morse.h
 /pair_lcbop.cpp
 /pair_lcbop.h
 /pair_line_lj.cpp
 /pair_line_lj.h
 /pair_list.cpp
 /pair_list.h
 /pair_lj_charmm_coul_charmm.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_charmm.h
 /pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_charmm_implicit.h
 /pair_lj_charmm_coul_long.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_long.h
 /pair_lj_charmm_coul_long_opt.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_long_opt.h
 /pair_lj_charmm_coul_long_soft.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_long_soft.h
 /pair_lj_charmm_coul_msm.cpp
 /pair_lj_charmm_coul_msm.h
 /pair_lj_class2.cpp
 /pair_lj_class2.h
 /pair_lj_class2_coul_cut.cpp
 /pair_lj_class2_coul_cut.h
 /pair_lj_class2_coul_long.cpp
 /pair_lj_class2_coul_long.h
 /pair_lj_coul.cpp
 /pair_lj_coul.h
 /pair_coul_cut_soft.cpp
 /pair_coul_cut_soft.h
 /pair_coul_long_soft.cpp
 /pair_coul_long_soft.h
 /pair_lj_cut_coul_cut_soft.cpp
 /pair_lj_cut_coul_cut_soft.h
 /pair_lj_cut_tip4p_cut.cpp
 /pair_lj_cut_tip4p_cut.h
 /pair_lj_cut_coul_long.cpp
 /pair_lj_cut_coul_long.h
 /pair_lj_cut_coul_long_opt.cpp
 /pair_lj_cut_coul_long_opt.h
 /pair_lj_cut_coul_long_soft.cpp
 /pair_lj_cut_coul_long_soft.h
 /pair_lj_cut_coul_msm.cpp
 /pair_lj_cut_coul_msm.h
 /pair_lj_cut_dipole_cut.cpp
 /pair_lj_cut_dipole_cut.h
 /pair_lj_cut_dipole_long.cpp
 /pair_lj_cut_dipole_long.h
 /pair_lj_cut_soft.cpp
 /pair_lj_cut_soft.h
 /pair_lj_cut_tip4p_long.cpp
 /pair_lj_cut_tip4p_long.h
 /pair_lj_cut_tip4p_long_opt.cpp
 /pair_lj_cut_tip4p_long_opt.h
 /pair_lj_cut_tip4p_long_soft.cpp
 /pair_lj_cut_tip4p_long_soft.h
 /pair_lj_long_coul_long.cpp
 /pair_lj_long_coul_long.h
 /pair_lj_long_coul_long_opt.cpp
 /pair_lj_long_coul_long_opt.h
 /pair_lj_long_dipole_long.cpp
 /pair_lj_long_dipole_long.h
 /pair_lj_long_tip4p_long.cpp
 /pair_lj_long_tip4p_long.h
 /pair_lj_cut_opt.cpp
 /pair_lj_cut_opt.h
 /pair_lj_cut_tgpu.cpp
 /pair_lj_cut_tgpu.h
 /pair_lj_sdk.cpp
 /pair_lj_sdk.h
 /pair_lj_sdk_coul_long.cpp
 /pair_lj_sdk_coul_long.h
 /pair_lj_sdk_coul_msm.cpp
 /pair_lj_sdk_coul_msm.h
 /pair_lj_sf.cpp
 /pair_lj_sf.h
 /pair_lj_sf_dipole_sf.cpp
 /pair_lj_sf_dipole_sf.h
 /pair_lubricateU.cpp
 /pair_lubricateU.h
 /pair_lubricateU_poly.cpp
 /pair_lubricateU_poly.h
 /pair_lubricate_poly.cpp
 /pair_lubricate_poly.h
 /pair_lubricate.cpp
 /pair_lubricate.h
 /pair_meam.cpp
 /pair_meam.h
 /pair_meam_spline.cpp
 /pair_meam_spline.h
 /pair_meam_sw_spline.cpp
 /pair_meam_sw_spline.h
 /pair_morse_opt.cpp
 /pair_morse_opt.h
 /pair_morse_soft.cpp
 /pair_morse_soft.h
 /pair_nb3b_harmonic.cpp
 /pair_nb3b_harmonic.h
 /pair_nm_cut.cpp
 /pair_nm_cut.h
 /pair_nm_cut_coul_cut.cpp
 /pair_nm_cut_coul_cut.h
 /pair_nm_cut_coul_long.cpp
 /pair_nm_cut_coul_long.h
 /pair_peri_eps.cpp
 /pair_peri_eps.h
 /pair_peri_lps.cpp
 /pair_peri_lps.h
 /pair_peri_pmb.cpp
 /pair_peri_pmb.h
 /pair_peri_ves.cpp
 /pair_peri_ves.h
 /pair_reax.cpp
 /pair_reax.h
 /pair_reax_fortran.h
 /pair_reax_c.cpp
 /pair_reax_c.h
 /pair_rebo.cpp
 /pair_rebo.h
 /pair_resquared.cpp
 /pair_resquared.h
 /pair_sph_heatconduction.cpp
 /pair_sph_heatconduction.h
 /pair_sph_idealgas.cpp
 /pair_sph_idealgas.h
 /pair_sph_lj.cpp
 /pair_sph_lj.h
 /pair_sph_rhosum.cpp
 /pair_sph_rhosum.h
 /pair_sph_taitwater.cpp
 /pair_sph_taitwater.h
 /pair_sph_taitwater_morris.cpp
 /pair_sph_taitwater_morris.h
 /pair_sw.cpp
 /pair_sw.h
 /pair_tersoff.cpp
 /pair_tersoff.h
 /pair_tersoff_mod.cpp
 /pair_tersoff_mod.h
 /pair_tersoff_table.cpp
 /pair_tersoff_table.h
 /pair_tersoff_zbl.cpp
 /pair_tersoff_zbl.h
 /pair_tip4p_cut.cpp
 /pair_tip4p_cut.h
 /pair_tip4p_long.cpp
 /pair_tip4p_long.h
 /pair_tip4p_long_soft.cpp
 /pair_tip4p_long_soft.h
 /pair_tri_lj.cpp
 /pair_tri_lj.h
 /pair_yukawa_colloid.cpp
 /pair_yukawa_colloid.h
 /pppm.cpp
 /pppm.h
 /pppm_cg.cpp
 /pppm_cg.h
 /pppm_disp.cpp
 /pppm_disp.h
 /pppm_disp_tip4p.cpp
 /pppm_disp_tip4p.h
 /pppm_old.cpp
 /pppm_old.h
 /pppm_proxy.cpp
 /pppm_proxy.h
 /pppm_stagger.cpp
 /pppm_stagger.h
 /pppm_tip4p.cpp
 /pppm_tip4p.h
 /pppm_tip4p_proxy.cpp
 /pppm_tip4p_proxy.h
 /pppm_tip4p_cg.cpp
 /pppm_tip4p_cg.h
 /prd.cpp
 /prd.h
 /python.cpp
 /python.h
 /reader_molfile.cpp
 /reader_molfile.h
 /reaxc_allocate.cpp
 /reaxc_allocate.h
 /reaxc_basic_comm.cpp
 /reaxc_basic_comm.h
 /reaxc_bond_orders.cpp
 /reaxc_bond_orders.h
 /reaxc_bonds.cpp
 /reaxc_bonds.h
 /reaxc_control.cpp
 /reaxc_control.h
 /reaxc_defs.h
 /reaxc_ffield.cpp
 /reaxc_ffield.h
 /reaxc_forces.cpp
 /reaxc_forces.h
 /reaxc_hydrogen_bonds.cpp
 /reaxc_hydrogen_bonds.h
 /reaxc_init_md.cpp
 /reaxc_init_md.h
 /reaxc_io_tools.cpp
 /reaxc_io_tools.h
 /reaxc_list.cpp
 /reaxc_list.h
 /reaxc_lookup.cpp
 /reaxc_lookup.h
 /reaxc_multi_body.cpp
 /reaxc_multi_body.h
 /reaxc_nonbonded.cpp
 /reaxc_nonbonded.h
 /reaxc_reset_tools.cpp
 /reaxc_reset_tools.h
 /reaxc_system_props.cpp
 /reaxc_system_props.h
 /reaxc_tool_box.cpp
 /reaxc_tool_box.h
 /reaxc_torsion_angles.cpp
 /reaxc_torsion_angles.h
 /reaxc_traj.cpp
 /reaxc_traj.h
 /reaxc_types.h
 /reaxc_valence_angles.cpp
 /reaxc_valence_angles.h
 /reaxc_vector.cpp
 /reaxc_vector.h
 /remap.cpp
 /remap.h
 /remap_wrap.cpp
 /remap_wrap.h
 /restart_mpiio.cpp
 /restart_mpiio.h
 /smd_kernels.h
 /smd_material_models.cpp
 /smd_material_models.h
 /smd_math.h
 /style_angle.h
 /style_atom.h
 /style_body.h
 /style_bond.h
 /style_command.h
 /style_compute.h
 /style_dihedral.h
 /style_dump.h
 /style_fix.h
 /style_improper.h
 /style_integrate.h
 /style_kspace.h
 /style_lb.h
 /style_minimize.h
 /style_pair.h
 /style_reader.h
 /style_region.h
 /tad.cpp
 /tad.h
 /temper.cpp
 /temper.h
 /thr_data.cpp
 /thr_data.h
 /verlet_split.cpp
 /verlet_split.h
 /write_dump.cpp
 /write_dump.h
 /xdr_compat.cpp
 /xdr_compat.h
 
 /atom_vec_smd.cpp
 /atom_vec_smd.h
 /compute_saed.cpp
 /compute_saed.h
 /compute_saed_consts.h
 /compute_smd_contact_radius.cpp
 /compute_smd_contact_radius.h
 /compute_smd_damage.cpp
 /compute_smd_damage.h
 /compute_smd_hourglass_error.cpp
 /compute_smd_hourglass_error.h
 /compute_smd_internal_energy.cpp
 /compute_smd_internal_energy.h
 /compute_smd_plastic_strain.cpp
 /compute_smd_plastic_strain.h
 /compute_smd_plastic_strain_rate.cpp
 /compute_smd_plastic_strain_rate.h
 /compute_smd_rho.cpp
 /compute_smd_rho.h
 /compute_smd_tlsph_defgrad.cpp
 /compute_smd_tlsph_defgrad.h
 /compute_smd_tlsph_dt.cpp
 /compute_smd_tlsph_dt.h
 /compute_smd_tlsph_num_neighs.cpp
 /compute_smd_tlsph_num_neighs.h
 /compute_smd_tlsph_shape.cpp
 /compute_smd_tlsph_shape.h
 /compute_smd_tlsph_strain.cpp
 /compute_smd_tlsph_strain.h
 /compute_smd_tlsph_strain_rate.cpp
 /compute_smd_tlsph_strain_rate.h
 /compute_smd_tlsph_stress.cpp
 /compute_smd_tlsph_stress.h
 /compute_smd_triangle_mesh_vertices.cpp
 /compute_smd_triangle_mesh_vertices.h
 /compute_smd_ulsph_effm.cpp
 /compute_smd_ulsph_effm.h
 /compute_smd_ulsph_num_neighs.cpp
 /compute_smd_ulsph_num_neighs.h
 /compute_smd_ulsph_strain.cpp
 /compute_smd_ulsph_strain.h
 /compute_smd_ulsph_strain_rate.cpp
 /compute_smd_ulsph_strain_rate.h
 /compute_smd_ulsph_stress.cpp
 /compute_smd_ulsph_stress.h
 /compute_smd_vol.cpp
 /compute_smd_vol.h
 /compute_temp_cs.cpp
 /compute_temp_cs.h
 /compute_temp_drude.cpp
 /compute_temp_drude.h
 /compute_xrd.cpp
 /compute_xrd.h
 /compute_xrd_consts.h
 /fix_atom_swap.cpp
 /fix_atom_swap.h
 /fix_ave_spatial_sphere.cpp
 /fix_ave_spatial_sphere.h
 /fix_drude.cpp
 /fix_drude.h
 /fix_drude_transform.cpp
 /fix_drude_transform.h
 /fix_langevin_drude.cpp
 /fix_langevin_drude.h
 /fix_pimd.cpp
 /fix_pimd.h
 /fix_qbmsst.cpp
 /fix_qbmsst.h
 /fix_qtb.cpp
 /fix_qtb.h
 /fix_rattle.cpp
 /fix_rattle.h
 /fix_saed_vtk.cpp
 /fix_saed_vtk.h
 /fix_smd_adjust_dt.cpp
 /fix_smd_adjust_dt.h
 /fix_smd_integrate_tlsph.cpp
 /fix_smd_integrate_tlsph.h
 /fix_smd_integrate_ulsph.cpp
 /fix_smd_integrate_ulsph.h
 /fix_smd_move_triangulated_surface.cpp
 /fix_smd_move_triangulated_surface.h
 /fix_smd_setvel.cpp
 /fix_smd_setvel.h
 /fix_smd_tlsph_reference_configuration.cpp
 /fix_smd_tlsph_reference_configuration.h
 /fix_smd_wall_surface.cpp
 /fix_smd_wall_surface.h
 /fix_srp.cpp
 /fix_srp.h
 /fix_tfmc.cpp
 /fix_tfmc.h
 /fix_ttm_mod.cpp
 /fix_ttm_mod.h
 /pair_born_coul_long_cs.cpp
 /pair_born_coul_long_cs.h
 /pair_buck_coul_long_cs.cpp
 /pair_buck_coul_long_cs.h
 /pair_coul_long_cs.cpp
 /pair_coul_long_cs.h
 /pair_lj_cut_thole_long.cpp
 /pair_lj_cut_thole_long.h
 /pair_plum_hb.cpp
 /pair_plum_hb.h
 /pair_plum_hp.cpp
 /pair_plum_hp.h
 /pair_polymorphic.cpp
 /pair_polymorphic.h
 /pair_smd_hertz.cpp
 /pair_smd_hertz.h
 /pair_smd_tlsph.cpp
 /pair_smd_tlsph.h
 /pair_smd_triangulated_surface.cpp
 /pair_smd_triangulated_surface.h
 /pair_smd_ulsph.cpp
 /pair_smd_ulsph.h
 /pair_srp.cpp
 /pair_srp.h
 /pair_thole.cpp
 /pair_thole.h
 /pair_buck_mdf.cpp
 /pair_buck_mdf.h
 /pair_dpd_conservative.cpp
 /pair_dpd_conservative.h
 /pair_dpd_fdt.cpp
 /pair_dpd_fdt.h
 /pair_dpd_fdt_energy.cpp
 /pair_dpd_fdt_energy.h
 /pair_lennard_mdf.cpp
 /pair_lennard_mdf.h
 /pair_lj_cut_coul_long_cs.cpp
 /pair_lj_cut_coul_long_cs.h
 /pair_lj_mdf.cpp
 /pair_lj_mdf.h
 /pair_mgpt.cpp
 /pair_mgpt.h
 /pair_morse_smooth_linear.cpp
 /pair_morse_smooth_linear.h
 /pair_smtbq.cpp
 /pair_smtbq.h
 /pair_vashishta.cpp
 /pair_vashishta.h
 
diff --git a/test/.gitignore b/test/.gitignore
new file mode 100644
index 000000000..67d25d883
--- /dev/null
+++ b/test/.gitignore
@@ -0,0 +1 @@
+log.*-*