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iCAPs/packages/spm12/external/fieldtrip/fileio/private/np_read_splitted_fileinfo.m
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np_read_splitted_fileinfo.m
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function [np_info] = np_read_splitted_fileinfo (filename, option)
%
% function [np_info] = np_read_splitted_fileinfo (filename, option)
%
% This function is necessary for np_readfileinfo.m.
%
% eldith GmbH
% Gustav-Kirchhoff-Str. 5
% D-98693 Ilmenau
% Germany
% 02.02.2005
% -------------------------------------------------------------------------
% Initialisierung der Struktur
% -------------------------------------------------------------------------
np_info=struct('filename','','pathname','','name','','firstname','','birthday','','ID',0,'date','00.00.00',...
'time','00:00:00','duration','','setup','','pmtype','','algorithm','','channels','','channeltypes','',...
'units','','PhysMin',0,'PhysMax',0,'N',0,'K',0,'fa',0,'fp_data',0);
% -------------------------------------------------------------------------
% Auslesen: fp_text, fp_data, K, N, fa
% -------------------------------------------------------------------------
d=dir(filename);
if d(1).bytes==0,
ft_error('File size = 0 KB.');
end
fid=fopen(filename,'r');
if fid==-1,
ft_error(['Unable to open file "' filename '". Error code: ' ferror(fid)]);
end
status=fseek(fid,16,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error('Unable to set filepointer to index 16.');
end
[np_info.fp_data,count]=fread(fid,1,'int32');
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read filepointer for data block.');
end
[fp_header,count]=fread(fid,1,'int32');
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read filepointer for header block.');
end
[fp_marker,count]=fread(fid,1,'int32');
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read filepointer for marker block.');
end
[fp_text,count]=fread(fid,1,'int32');
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read filepointer for text block.');
end
status=fseek(fid,fp_header,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error('Unable to set file to fp_header.');
end
[np_info.K,count]=fread(fid,1,'short'); % lese Kanalanzahl
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read number of channels.');
end
[ignore,count]=fscanf(fid,'%19c',1);
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read duration string.');
end
% Sampleanzahl ermitteln:
% frühere Version:
% [np_info.N,count]=fread(fid,1,'int32');
% if count~=1,
% ft_error(['Fehler beim Lesen der Messdauer. Fehlercode: ' ferror(fid)]);
% end
% jetzt: Ermittlung aus FilePointern und FileSize!!!
d=dir(filename);
filesize=d.bytes;
SIZEOF_FLOAT=4;
fp_vector=sort([fp_text fp_marker fp_header np_info.fp_data filesize]);
idx=find(fp_vector==np_info.fp_data);
%
% Ergänzung: 16.2.05
% wenn fp_data = filesize, dann hat die Datei
% wahrscheinlich keine Daten
%
if (np_info.fp_data==filesize),
ft_error(['Unable to read data (no data?). fp_text = ' num2str(fp_text) '; fp_marker = ' num2str(fp_marker) '; fp_header = ' num2str(fp_header) ';fp_data = ' num2str(np_info.fp_data) '; filesize = ' num2str(filesize)]);
end
np_info.N=(fp_vector(idx+1)-fp_vector(idx))/SIZEOF_FLOAT/np_info.K;
status=fseek(fid,fp_header+39,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error('Unable to set filepointer to sampling frquency of 1st channel.');
end
[fa_str,count]=fscanf(fid,'%19c',1); % lese Abtastfrequenz Kanal 1
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error('Unable to read sampling frquency of 1st channel.');
end
np_info.fa=str2num(fa_str(2:19)); % Umwandlung: CHAR-Array in double-Zahl
% -------------------------------------------------------------------------
% Auslesen: Name, Vorname, Geburtstag, ID
% -------------------------------------------------------------------------
if fp_text>0,
status=fseek(fid,fp_text,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error('Unable to set filepointer to begin of text block.');
end
tline=fgetl(fid); % [PatInfo]
tline=fgetl(fid); % Name=...
np_info.name=tline(6:length(tline));
tline=fgetl(fid); % Vorname=...
np_info.firstname=tline(9:length(tline));
tline=fgetl(fid); % GebDat=...
da=tline(8:length(tline));
np_info.birthday=da;
%
% alte Version hatte nur Probleme, wenn unterschiedliche Regions-
% und Sprachoptionen -> deshalb String für GebDat nicht formatieren
% 07.04.2005
% if ~isempty(strfind(da,'/')), % amerikanisches Datumsformat?
% %bc=datevec(da); % = frühere Version
% bc=datevec(da,'dd/mm/yyyy');
% bs=datestr(bc,24);
% np_info.birthday=regexprep(bs,'/','.');
% else
% np_info.birthday=da; % sonst Annahme deutsches/europäisches Format
% end
tline=fgetl(fid); % ID=...
np_info.ID=tline(4:length(tline));
end
% -------------------------------------------------------------------------
% Kanalbezeichnungen lesen
% -------------------------------------------------------------------------
np_info.channels=cell(1,np_info.K);
for i=1:np_info.K
status=fseek(fid,fp_header+35+(i-1)*203+166,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error(['Unable to set filepointer to signal name of channel ' num2str(i) '.']);
end
[h,count]=fscanf(fid,'%8c',1);
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error(['Unable to read channel name for channel ' num2str(i) '.']);
end
%
% wahre Stringlänge bestimmen!
% Änderung am 09.12.2004
%
hh=h(2:8);
laenge=0;
for k=1:length(hh)
if (1==strcmp(hh(k),char(0))),
break;
else
laenge=laenge+1;
end
end
%
np_info.channels{i}=hh(1:laenge);
end
% -------------------------------------------------------------------------
% Kanaltypen lesen
% -------------------------------------------------------------------------
np_info.channeltypes=cell(1,np_info.K);
for i=1:np_info.K
status=fseek(fid,fp_header+35+(i-1)*203+186,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error(['Unable to set filepointer to unit of channel ' num2str(i) '.']);
end
[h,count]=fscanf(fid,'%16c',1);
if count~=1,
fclose(fid);
ft_error(['unable to read unit of channel ' num2str(i) '.']);
end
h_unit=h(2:8);
%
% wahre Stringlängen bestimmen!
% Änderung am 01.02.2005
%
laenge=0;
for k=1:length(h_unit)
if (1==strcmp(h_unit(k),char(0))),
break;
else
laenge=laenge+1;
end
end
np_info.units{i}=h_unit(1:laenge);
h_type=h(10:16);
%
% wahre Stringlängen bestimmen!
% Änderung am 01.02.2005
%
laenge=0;
for k=1:length(h_type)
if (1==strcmp(h_type(k),char(0))),
break;
else
laenge=laenge+1;
end
end
np_info.channeltypes{i}=h_type(1:laenge);
end
fclose(fid);
% -------------------------------------------------------------------------
% Setup, PMTyp und ALgorithmus lesen
% -------------------------------------------------------------------------
% --- alte Version: fid=fopen([filename(1:length(filename)-1) '_'],'r');
% --- bis 19.09.2005: in alter Version werden nicht die *X*.EEG Dateien
% --- für EEG-Splitting benutzt; neue Version liest Setup, PMtype,
% --- Algorithmus immer von der "ersten" EE_-Datei
[pa,fn,ex]=fileparts(filename);
if strcmp(pa,''),
pa=pwd;
end
fid=fopen([pa filesep fn(1:14) '.EE_'],'r');
if fid==-1,
ft_error('Unable to read setup (marker 70) in *.EE_ file.');
end
s=fscanf(fid,'%c',inf);
fclose(fid);
Idx1=strfind(s,'70:'); % Name70=PMTyp
if ~isempty(Idx1),
% der Marker: 70:0(...) ist vorhanden
% Beispiel: 70:0(EEG-4-FB;FB;TP_ADHD_SCP)
[block,R]=strtok(s(Idx1(1):length(s)),'|'); % nächsten Block bis '|' ermitteln
[A,B]=strtok(block,'('); % suche nach '(' in block
[C,D]=strtok(B(2:length(B)),')'); % suche nach ')' in Restblock C
[np_info.setup,R]=strtok(C,';'); % Abtrennung für Setup
[np_info.pmtype,R]=strtok(R,';'); % Abtrennung für PMTyp
[np_info.algorithm,R]=strtok(R,';'); % Abtrennung für Algorithmus
else
% der Marker: 70:0(...) ist nicht vorhanden
% es muss 16518:... benutzt werden
% nur setup kann ermittelt werden aus der letzten
% Sekundärmontage
fid=fopen([filename(1:length(filename)-1) '_'],'r');
if fid==-1,
ft_error('Unable to read setup (marker 16518) in *.EE_ file.');
end
s=fscanf(fid,'%c',inf);
fclose(fid);
MarkerIdx=strfind(s,'16518:'); % alle Marker mit 16518: finden
letzteSekMontage='';
for i=1:length(MarkerIdx)
% Beispiel 1: 16518:0| -> keine Montage vorhanden
% Beispiel 2: 16518:0(EEG;Fp1...)
[block,R]=strtok(s(MarkerIdx(i):length(s)),'|'); % nächsten Block bis '|' ermitteln
[A,B]=strtok(block,'('); % im Block nach '(' suchen
[C,D]=strtok(B(2:length(B)),')'); % im Restblock B nach ')' suchen
[E,F]=strtok(C,';'); % im Block C nach ';' suchen
if length(E)>5,
if strcmp(E(1:5),'Prim.')~=1, % Prim.mont. oder Prim.mont.;
letzteSekMontage=E;
end
else
letzteSekMontage=E;
end
end
np_info.setup=letzteSekMontage;
end
% Ergänzung: 21.09.05
% Alias für Algorithmus (Protokoll) eintragen
dw=which('np_read_splitted_fileinfo.m');
if ~isempty(dw),
[pa,fn,ex]=fileparts(dw);
if strcmp(pa,''),
pa=pwd;
end
try
algo=load([pa filesep 'npalgo.mat']);
idx=find(strcmp(algo.algo(:,1),np_info.algorithm)==1);
if ~isempty(idx),
np_info.algorithm=cell2mat(algo.algo(idx,2));
end
catch
end
end
% -------------------------------------------------------------------------
% Dateinamen, Datum, Uhrzeit und Messdauer speichern
% -------------------------------------------------------------------------
[np_info.pathname,fn,ext]=fileparts(filename);
if strcmp(np_info.pathname,'')
np_info.pathname=pwd;
end
np_info.filename=[fn ext];
[pa,fn,ex]=fileparts(filename);
s=fn(1:14); % nur ein Datum für gesplittete EEG-Dateien
%
% Anpassung an ISO 8601 'yyyy-mm-dd' 2000-03-01
% alte Version: np_info.date=datestr([s(5:6) '/' s(7:8) '/' s(1:4)]);
np_info.date=[s(1:4) '-' s(5:6) '-' s(7:8)];
np_info.duration=np_info.N/np_info.fa;
%
% neue Version: Auslesen der Zeit aus der EE_ Datei
%
fid=fopen([filename(1:length(filename)-1) '_'],'r');
if fid==-1,
ft_error('Unable to read primary setup in *.EE_ file.');
end
s=fscanf(fid,'%c',inf);
fclose(fid);
Idx1=strfind(s,'16384:0');
if length(Idx1)>1, % für den Fall, dass 16384:0 mehrfach auftaucht
Idx1=Idx1(1); % das kann bei Pausen der Fall sein
end
if ~isempty(s)
%
% Formate: 16384:0(01.02.2005 12:54:41) oder 16384:0(2/1/2005 8:50:03 PM)
% in einer neuen Version: 01_02_2005 12:54:41
%
[block,R]=strtok(s(Idx1:length(s)),'|'); % nächsten Block bis '|' ermitteln
[A,B]=strtok(block,'('); % im Block nach '(' suchen
[C,D]=strtok(B(2:length(B)),')'); % im Restblock B nach ')' suchen
[str,R]=strtok(C,' '); % ergibt das Datum in str und time in R
np_info.time=datestr(datenum(R(2:length(R))),13); % formatiere Zeit: hh:mm:ss
%
% Ergänzung 07.04.2005:
% Prüfen des Messdatums
% z.B. EEG-Dateiname: 20050407235920.EEG 07.04.2005 23:59:20
% Messbeginn: 8.4.2005 00:20:21
% dann muss das Messdatum um 1 Tag korrigiert werden
% Alternative: Messdatum aus EE_-Datei -> abhängig von Regions- und
% Spracheinstellungen
filename_time=str2num(np_info.filename(9:14)); % z.B. 235920
info_time=str2num([np_info.time(1:2) np_info.time(4:5) np_info.time(7:8)]); % z.B. 002021
if (info_time<filename_time),
% Messgebinn war nach Mitternacht, Messdatum um 1 Tag erhöhen
np_info.date=datestr(datenum(str2num(np_info.date(1:4)),... % Jahr
str2num(np_info.date(6:7)),... % Monat
str2num(np_info.date(9:10)))+1,29); % Tag um 1 erhöhen
end
end
% -------------------------------------------------------------------------
% Physikalisches Minimum und Maximum ermitteln
% -------------------------------------------------------------------------
np_info.PhysMin=zeros(1,np_info.K);
np_info.PhysMax=zeros(1,np_info.K);
if (nargin==2) && (strcmp(upper(option),'NO_MINMAX'))
return;
end
fid=fopen([np_info.pathname filesep np_info.filename],'r');
if fid==-1,
ft_error('Error while opening *.EEG file (read PhysMinMax).');
end
status=fseek(fid,np_info.fp_data,'bof');
if status~=0,
fclose(fid);
ft_error('Unable to set filepointer to begin of data block (read PhysMinMax).');
end
SamplesToRead=1000;
try
for k=1:np_info.K % setze Werte für PhysMin und PhysMax
val=fread(fid,1,'float'); % auf die Anfangswerte des jeweiligen
np_info.PhysMin(1,k)=val; % Kanals
np_info.PhysMax(1,k)=val;
end
while 1,
[val,count]=fread(fid,[np_info.K SamplesToRead],'float');
val=val';
np_info.PhysMin=min([min(val,[],1); np_info.PhysMin],[],1);
np_info.PhysMax=max([max(val,[],1); np_info.PhysMax],[],1);
if count<(np_info.K*SamplesToRead),
break;
end
end
% wichtige Ergänzung: 23.08.2004
fclose(fid);
catch
fclose(fid);
ft_error('Error while calculating physical minimum or maximum.');
end
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