Homec4science
Diffusion lammps (lammm-master-deprecated) Browse

lammps/examples/USER/misc/imd/deca-ala.psf
5c19a0d788a7lammm-master-deprecated

Last Change
Raw File

deca-ala.psf
View Options

PSF
6 !NTITLE
REMARKS original generated structure x-plor psf file
REMARKS 2 patches were applied to the molecule.
REMARKS topology top_all22_prot.rtf
REMARKS segment DAL { first NTER; last CTER; auto angles dihedrals }
REMARKS defaultpatch NTER DAL:1
REMARKS defaultpatch CTER DAL:10
103 !NATOM
1 DAL 1 ALA N NH3 -0.300000 14.0070 0
2 DAL 1 ALA HT1 HC 0.330000 1.0080 0
3 DAL 1 ALA HT2 HC 0.330000 1.0080 0
4 DAL 1 ALA HT3 HC 0.330000 1.0080 0
5 DAL 1 ALA CA CT1 0.210000 12.0110 0
6 DAL 1 ALA HA HB 0.100000 1.0080 0
7 DAL 1 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
8 DAL 1 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
9 DAL 1 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
10 DAL 1 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
11 DAL 1 ALA C C 0.510000 12.0110 0
12 DAL 1 ALA O O -0.510000 15.9990 0
13 DAL 2 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
14 DAL 2 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
15 DAL 2 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
16 DAL 2 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
17 DAL 2 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
18 DAL 2 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
19 DAL 2 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
20 DAL 2 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
21 DAL 2 ALA C C 0.510000 12.0110 0
22 DAL 2 ALA O O -0.510000 15.9990 0
23 DAL 3 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
24 DAL 3 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
25 DAL 3 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
26 DAL 3 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
27 DAL 3 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
28 DAL 3 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
29 DAL 3 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
30 DAL 3 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
31 DAL 3 ALA C C 0.510000 12.0110 0
32 DAL 3 ALA O O -0.510000 15.9990 0
33 DAL 4 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
34 DAL 4 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
35 DAL 4 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
36 DAL 4 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
37 DAL 4 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
38 DAL 4 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
39 DAL 4 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
40 DAL 4 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
41 DAL 4 ALA C C 0.510000 12.0110 0
42 DAL 4 ALA O O -0.510000 15.9990 0
43 DAL 5 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
44 DAL 5 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
45 DAL 5 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
46 DAL 5 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
47 DAL 5 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
48 DAL 5 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
49 DAL 5 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
50 DAL 5 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
51 DAL 5 ALA C C 0.510000 12.0110 0
52 DAL 5 ALA O O -0.510000 15.9990 0
53 DAL 6 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
54 DAL 6 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
55 DAL 6 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
56 DAL 6 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
57 DAL 6 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
58 DAL 6 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
59 DAL 6 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
60 DAL 6 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
61 DAL 6 ALA C C 0.510000 12.0110 0
62 DAL 6 ALA O O -0.510000 15.9990 0
63 DAL 7 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
64 DAL 7 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
65 DAL 7 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
66 DAL 7 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
67 DAL 7 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
68 DAL 7 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
69 DAL 7 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
70 DAL 7 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
71 DAL 7 ALA C C 0.510000 12.0110 0
72 DAL 7 ALA O O -0.510000 15.9990 0
73 DAL 8 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
74 DAL 8 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
75 DAL 8 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
76 DAL 8 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
77 DAL 8 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
78 DAL 8 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
79 DAL 8 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
80 DAL 8 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
81 DAL 8 ALA C C 0.510000 12.0110 0
82 DAL 8 ALA O O -0.510000 15.9990 0
83 DAL 9 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
84 DAL 9 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
85 DAL 9 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
86 DAL 9 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
87 DAL 9 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
88 DAL 9 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
89 DAL 9 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
90 DAL 9 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
91 DAL 9 ALA C C 0.510000 12.0110 0
92 DAL 9 ALA O O -0.510000 15.9990 0
93 DAL 10 ALA C CC 0.340000 12.0110 0
94 DAL 10 ALA OT1 OC -0.670000 15.9990 0
95 DAL 10 ALA OT2 OC -0.670000 15.9990 0
96 DAL 10 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
97 DAL 10 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
98 DAL 10 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
99 DAL 10 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
100 DAL 10 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
101 DAL 10 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
102 DAL 10 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
103 DAL 10 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
102 !NBOND: bonds
1 5 2 1 3 1 4 1
5 6 7 5 7 8 7 9
7 10 11 5 11 13 12 11
13 14 13 15 15 16 17 15
17 18 17 19 17 20 21 15
21 23 22 21 23 24 23 25
25 26 27 25 27 28 27 29
27 30 31 25 31 33 32 31
33 34 33 35 35 36 37 35
37 38 37 39 37 40 41 35
41 43 42 41 43 44 43 45
45 46 47 45 47 48 47 49
47 50 51 45 51 53 52 51
53 54 53 55 55 56 57 55
57 58 57 59 57 60 61 55
61 63 62 61 63 64 63 65
65 66 67 65 67 68 67 69
67 70 71 65 71 73 72 71
73 74 73 75 75 76 77 75
77 78 77 79 77 80 81 75
81 83 82 81 83 84 83 85
85 86 87 85 87 88 87 89
87 90 91 85 91 96 92 91
93 95 93 94 93 98 96 97
96 98 98 99 100 98 100 101
100 102 100 103
183 !NTHETA: angles
1 5 6 1 5 11 2 1 5
2 1 4 2 1 3 3 1 5
3 1 4 4 1 5 5 11 12
5 11 13 5 7 10 5 7 9
5 7 8 7 5 6 7 5 11
7 5 1 8 7 10 8 7 9
9 7 10 11 5 6 13 15 16
13 15 21 13 11 12 14 13 11
14 13 15 15 21 22 15 21 23
15 17 20 15 17 19 15 17 18
15 13 11 17 15 16 17 15 21
17 15 13 18 17 20 18 17 19
19 17 20 21 15 16 23 25 26
23 25 31 23 21 22 24 23 21
24 23 25 25 31 32 25 31 33
25 27 30 25 27 29 25 27 28
25 23 21 27 25 26 27 25 31
27 25 23 28 27 30 28 27 29
29 27 30 31 25 26 33 35 36
33 35 41 33 31 32 34 33 31
34 33 35 35 41 42 35 41 43
35 37 40 35 37 39 35 37 38
35 33 31 37 35 36 37 35 41
37 35 33 38 37 40 38 37 39
39 37 40 41 35 36 43 45 46
43 45 51 43 41 42 44 43 41
44 43 45 45 51 52 45 51 53
45 47 50 45 47 49 45 47 48
45 43 41 47 45 46 47 45 51
47 45 43 48 47 50 48 47 49
49 47 50 51 45 46 53 55 56
53 55 61 53 51 52 54 53 51
54 53 55 55 61 62 55 61 63
55 57 60 55 57 59 55 57 58
55 53 51 57 55 56 57 55 61
57 55 53 58 57 60 58 57 59
59 57 60 61 55 56 63 65 66
63 65 71 63 61 62 64 63 61
64 63 65 65 71 72 65 71 73
65 67 70 65 67 69 65 67 68
65 63 61 67 65 66 67 65 71
67 65 63 68 67 70 68 67 69
69 67 70 71 65 66 73 75 76
73 75 81 73 71 72 74 73 71
74 73 75 75 81 82 75 81 83
75 77 80 75 77 79 75 77 78
75 73 71 77 75 76 77 75 81
77 75 73 78 77 80 78 77 79
79 77 80 81 75 76 83 85 86
83 85 91 83 81 82 84 83 81
84 83 85 85 91 92 85 91 96
85 87 90 85 87 89 85 87 88
85 83 81 87 85 86 87 85 91
87 85 83 88 87 90 88 87 89
89 87 90 91 85 86 93 98 99
94 93 98 95 93 98 95 93 94
96 98 99 96 98 93 96 91 92
97 96 91 97 96 98 98 100 103
98 100 102 98 100 101 98 96 91
100 98 99 100 98 93 100 98 96
101 100 103 101 100 102 102 100 103
249 !NPHI: dihedrals
1 5 7 8 1 5 7 9
1 5 7 10 1 5 11 13
1 5 11 12 2 1 5 7
2 1 5 11 2 1 5 6
3 1 5 7 3 1 5 11
3 1 5 6 4 1 5 7
4 1 5 11 4 1 5 6
5 11 13 14 5 11 13 15
6 5 7 8 6 5 7 9
6 5 7 10 6 5 11 13
6 5 11 12 7 5 11 13
7 5 11 12 8 7 5 11
9 7 5 11 10 7 5 11
11 13 15 17 11 13 15 21
11 13 15 16 12 11 13 14
12 11 13 15 13 15 17 18
13 15 17 19 13 15 17 20
13 15 21 23 13 15 21 22
14 13 15 17 14 13 15 21
14 13 15 16 15 21 23 24
15 21 23 25 16 15 17 18
16 15 17 19 16 15 17 20
16 15 21 23 16 15 21 22
17 15 21 23 17 15 21 22
18 17 15 21 19 17 15 21
20 17 15 21 21 23 25 27
21 23 25 31 21 23 25 26
22 21 23 24 22 21 23 25
23 25 27 28 23 25 27 29
23 25 27 30 23 25 31 33
23 25 31 32 24 23 25 27
24 23 25 31 24 23 25 26
25 31 33 34 25 31 33 35
26 25 27 28 26 25 27 29
26 25 27 30 26 25 31 33
26 25 31 32 27 25 31 33
27 25 31 32 28 27 25 31
29 27 25 31 30 27 25 31
31 33 35 37 31 33 35 41
31 33 35 36 32 31 33 34
32 31 33 35 33 35 37 38
33 35 37 39 33 35 37 40
33 35 41 43 33 35 41 42
34 33 35 37 34 33 35 41
34 33 35 36 35 41 43 44
35 41 43 45 36 35 37 38
36 35 37 39 36 35 37 40
36 35 41 43 36 35 41 42
37 35 41 43 37 35 41 42
38 37 35 41 39 37 35 41
40 37 35 41 41 43 45 47
41 43 45 51 41 43 45 46
42 41 43 44 42 41 43 45
43 45 47 48 43 45 47 49
43 45 47 50 43 45 51 53
43 45 51 52 44 43 45 47
44 43 45 51 44 43 45 46
45 51 53 54 45 51 53 55
46 45 47 48 46 45 47 49
46 45 47 50 46 45 51 53
46 45 51 52 47 45 51 53
47 45 51 52 48 47 45 51
49 47 45 51 50 47 45 51
51 53 55 57 51 53 55 61
51 53 55 56 52 51 53 54
52 51 53 55 53 55 57 58
53 55 57 59 53 55 57 60
53 55 61 63 53 55 61 62
54 53 55 57 54 53 55 61
54 53 55 56 55 61 63 64
55 61 63 65 56 55 57 58
56 55 57 59 56 55 57 60
56 55 61 63 56 55 61 62
57 55 61 63 57 55 61 62
58 57 55 61 59 57 55 61
60 57 55 61 61 63 65 67
61 63 65 71 61 63 65 66
62 61 63 64 62 61 63 65
63 65 67 68 63 65 67 69
63 65 67 70 63 65 71 73
63 65 71 72 64 63 65 67
64 63 65 71 64 63 65 66
65 71 73 74 65 71 73 75
66 65 67 68 66 65 67 69
66 65 67 70 66 65 71 73
66 65 71 72 67 65 71 73
67 65 71 72 68 67 65 71
69 67 65 71 70 67 65 71
71 73 75 77 71 73 75 81
71 73 75 76 72 71 73 74
72 71 73 75 73 75 77 78
73 75 77 79 73 75 77 80
73 75 81 83 73 75 81 82
74 73 75 77 74 73 75 81
74 73 75 76 75 81 83 84
75 81 83 85 76 75 77 78
76 75 77 79 76 75 77 80
76 75 81 83 76 75 81 82
77 75 81 83 77 75 81 82
78 77 75 81 79 77 75 81
80 77 75 81 81 83 85 87
81 83 85 91 81 83 85 86
82 81 83 84 82 81 83 85
83 85 87 88 83 85 87 89
83 85 87 90 83 85 91 96
83 85 91 92 84 83 85 87
84 83 85 91 84 83 85 86
85 91 96 97 85 91 96 98
86 85 87 88 86 85 87 89
86 85 87 90 86 85 91 96
86 85 91 92 87 85 91 96
87 85 91 92 88 87 85 91
89 87 85 91 90 87 85 91
91 96 98 100 91 96 98 93
91 96 98 99 92 91 96 97
92 91 96 98 93 98 100 101
93 98 100 102 93 98 100 103
93 98 96 97 94 93 98 100
94 93 98 96 94 93 98 99
95 93 98 100 95 93 98 96
95 93 98 99 96 98 100 101
96 98 100 102 96 98 100 103
97 96 98 100 97 96 98 99
99 98 100 101 99 98 100 102
99 98 100 103
19 !NIMPHI: impropers
11 5 13 12 13 11 15 14
21 15 23 22 23 21 25 24
31 25 33 32 33 31 35 34
41 35 43 42 43 41 45 44
51 45 53 52 53 51 55 54
61 55 63 62 63 61 65 64
71 65 73 72 73 71 75 74
81 75 83 82 83 81 85 84
91 85 96 92 93 98 95 94
96 91 98 97
0 !NDON: donors
0 !NACC: acceptors
0 !NNB
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0
1 0 !NGRP
0 0 0
c4science · Help