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Diffusion lammps (lammm-master-deprecated) Browse

lammps/src/USER-INTEL/TEST/README
775e8f3cc8f5lammm-master-deprecated

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README
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# Benchmarks
#
# in.intel.lj - Atomic fluid (LJ Benchmark)
# in.intel.rhodo - Protein (Rhodopsin Benchmark)
# in.intel.lc - Liquid Crystal w/ Gay-Berne potential
# in.intel.sw - Silicon benchmark with Stillinger-Weber
# in.intel.tersoff - Silicon benchmark with Tersoff
# in.intel.water - Coarse-grain water benchmark using Stillinger-Weber
#
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# Expected Timesteps/second with turbo on and HT enabled, LAMMPS 18-Jun-2016
#
# Xeon E5-2697v4 Xeon Phi 7250
#
# in.intel.lj - 162.764 179.148
# in.intel.rhodo - 11.633 13.668
# in.intel.lc - 19.136 24.863
# in.intel.sw - 139.048 152.026
# in.intel.tersoff - 82.663 92.985
# in.intel.water - 59.838 85.704
#
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# For Haswell (Xeon v3) architectures, depending on the compiler version,
# it may give better performance to compile for an AVX target (with -xAVX
# compiler option) instead of -xHost or -xCORE-AVX2 for some of the
# workloads. In most cases, FMA sensitive routines will still use AVX2
# (MKL and SVML detect the processor at runtime). For Broadwell (Xeon v4)
# architectures, -xCORE-AVX2 or -xHost will work best for all.
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# The default benchmark timesteps will run between 30s and 1 minute with
# the Intel package. You can specify a multiplier for all of the benchmarks
# to increase or decrease the runtime. Example commandline arguments:
#
# -v m 2 # Run for twice as long
# -v m 0.5 # Run for half as long
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# Example for running benchmarks:
# Number of physical cores per node not including hyperthreads
export LMP_CORES=28
# If hyperthreading is enabled, number of hyperthreads to use per core
# (2 for Xeon; 2 or 4 for Xeon Phi)
export OMP_NUM_THREADS=2
# Name of the LAMMPS binary
export LMP_BIN=../../lmp_intel_cpu
# LAMMPS root directory
export LMP_ROOT=../../../
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2016.2.062/psxevars.sh
export I_MPI_PIN_DOMAIN=core
export I_MPI_FABRICS=shm # For single node
# Generate the restart file for use with liquid crystal benchmark
mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in in.lc_generate_restart -log none
# Benchmark to run
export bench=in.intel.lj
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# To run without a optimization package
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mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none
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# To run with USER-OMP package
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mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk omp 0 -sf omp
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# To run with USER-INTEL package and no coprocessor
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mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 0 -sf intel
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# To run with USER-INTEL and automatic load balancing to 1 coprocessor
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mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 1 -sf intel
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# If using PPPM (in.intel.rhodo) on Intel Xeon Phi x200 series processors
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mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 0 omp 3 lrt yes -sf intel
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