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F83639832
Diamond.pl
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File Info
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Attached
Created
Wed, Sep 18, 06:12
Size
2 KB
Mime Type
text/x-perl
Expires
Fri, Sep 20, 06:12 (2 d)
Engine
blob
Format
Raw Data
Handle
20871597
Attached To
rLAMMPS lammps
Diamond.pl
View Options
#!/usr/bin/perl
#
Usage
:
diamond
<
nx
>
<
ny
>
<
nz
>
>
data
.
diamond
#
#
Generates
diamond
A4
structure
.
$
nx
=
shift
(
@
ARGV
);
$
ny
=
shift
(
@
ARGV
);
$
nz
=
shift
(
@
ARGV
);
#
$
scale
=
shift
(
@
ARGV
);
$
scale
=
1
.
045
;
$
L
=
7
.
33461
;
#
eFF
optimized
(
6
.
740
expt
)
$
re_core
=
0
.
328
;
#
core
electron
$
re_sigma
=
1
.
559
;
#
sigma
electrons
#
$
r_threshold
=
$
scale
*
1
.
6
/
0
.
529
;
#
threshold
for
sigma
bond
length
$
r_threshold
=
$
scale
*
1
.
6
/
0
.
5
;
#
threshold
for
sigma
bond
length
@xunit
=
(
0
,
0
,
0
.
5
,
0
.
5
,
0
.
25
,
0
.
75
,
0
.
25
,
0
.
75
);
@yunit
=
(
0
,
0
.
5
,
0
,
0
.
5
,
0
.
25
,
0
.
75
,
0
.
75
,
0
.
25
);
@zunit
=
(
0
,
0
.
5
,
0
.
5
,
0
,
0
.
25
,
0
.
25
,
0
.
75
,
0
.
75
);
$
idx
=
0
;
for
(
$
x
=
0
;
$
x
<
$
nx
;
$
x++
)
{
for
(
$
y
=
0
;
$
y
<
$
ny
;
$
y++
)
{
for
(
$
z
=
0
;
$
z
<
$
nz
;
$
z++
)
{
for
(
$
i
=
0
;
$
i
<=
$
#xunit
;
$
i++
)
{
$
xnuc
[
$
idx
]
=
$
x
*
$
L
+
$
xunit
[
$
i
]
*
$
L
;
$
ynuc
[
$
idx
]
=
$
y
*
$
L
+
$
yunit
[
$
i
]
*
$
L
;
$
znuc
[
$
idx
]
=
$
z
*
$
L
+
$
zunit
[
$
i
]
*
$
L
;
$
idx++
;
}
}
}
}
$
numnuc
=
$
idx
;
$
xx
=
$
L
*
$
nx
;
$
yy
=
$
L
*
$
ny
;
$
zz
=
$
L
*
$
nz
;
#
Print
length
of
supercell
printf
(
"Created with Diamond.pl\n\n"
);
printf
(
"%d atoms\n"
,
$
numnuc
*
7
);
printf
(
"2 atom types\n\n"
);
printf
(
"%f %f xlo xhi\n"
,
0
,
$
L
*
$
nx
);
printf
(
"%f %f ylo yhi\n"
,
0
,
$
L
*
$
ny
);
printf
(
"%f %f zlo zhi\n\n"
,
0
,
$
L
*
$
nz
);
printf
(
"Masses\n\n"
);
printf
(
"1 12.01070\n"
);
printf
(
"2 1.000000\n\n"
);
printf
(
"Atoms\n\n"
);
#
Print
out
the
nuclei
and
the
core
electrons
for
(
$
i
=
0
;
$
i
<
$
numnuc
;
$
i++
)
{
printf
(
"%i %i %f %i %f %f %f %f\n"
,
$
j+=
1
,
1
,
6
.
0
,
0
.
0
,
0
.
0
,
$
xnuc
[
$
i
],
$
ynuc
[
$
i
],
$
znuc
[
$
i
]);
}
for
(
$
i
=
0
;
$
i
<
$
numnuc
;
$
i++
)
{
printf
(
"%i %i %f %i %f %f %f %f\n"
,
$
j+=
1
,
2
,
0
.
0
,
1
,
$
re_core
,
$
xnuc
[
$
i
],
$
ynuc
[
$
i
],
$
znuc
[
$
i
]);
printf
(
"%i %i %f %i %f %f %f %f\n"
,
$
j+=
1
,
2
,
0
.
0
,
-
1
,
$
re_core
,
$
xnuc
[
$
i
],
$
ynuc
[
$
i
],
$
znuc
[
$
i
]);
}
#
Print
out
sigma
electrons
$
LLx
=
$
L
*
$
nx
;
$
LLy
=
$
L
*
$
ny
;
$
LLz
=
$
L
*
$
nz
;
$
k=
$
j
;
for
(
$
i
=
0
;
$
i
<
$
numnuc
;
$
i++
)
{
for
(
$
j
=
0
;
$
j
<
$
i
;
$
j++
)
{
$
x
=
$
xnuc
[
$
j
]
-
$
xnuc
[
$
i
];
$
y
=
$
ynuc
[
$
j
]
-
$
ynuc
[
$
i
];
$
z
=
$
znuc
[
$
j
]
-
$
znuc
[
$
i
];
#
Minimum
image
convention
if
(
$
x
>
$
LLx
/
2
)
{
$
x
-=
$
LLx
;}
if
(
$
y
>
$
LLy
/
2
)
{
$
y
-=
$
LLy
;}
if
(
$
z
>
$
LLz
/
2
)
{
$
z
-=
$
LLz
;}
if
(
$
x
<
-
$
LLx
/
2
)
{
$
x
+=
$
LLx
;}
if
(
$
y
<
-
$
LLy
/
2
)
{
$
y
+=
$
LLy
;}
if
(
$
z
<
-
$
LLz
/
2
)
{
$
z
+=
$
LLz
;}
$
r
=
sqrt
(
$
x
*
$
x
+
$
y
*
$
y
+
$
z
*
$
z
);
if
(
$
r
<
$
r_threshold
)
{
$
bond_x
=
$
xnuc
[
$
i
]
+
$
x
/
2
;
$
bond_y
=
$
ynuc
[
$
i
]
+
$
y
/
2
;
$
bond_z
=
$
znuc
[
$
i
]
+
$
z
/
2
;
#
Minimum
image
convention
if
(
$
bond_x
>
$
LLx
)
{
$
bond_x
-=
$
LLx
};
if
(
$
bond_y
>
$
LLy
)
{
$
bond_y
-=
$
LLy
};
if
(
$
bond_z
>
$
LLz
)
{
$
bond_z
-=
$
LLz
};
if
(
$
bond_x
<
0
)
{
$
bond_x
+=
$
LLx
};
if
(
$
bond_y
<
0
)
{
$
bond_y
+=
$
LLy
};
if
(
$
bond_z
<
0
)
{
$
bond_z
+=
$
LLz
};
printf
(
"%i %i %f %i %f %f %f %f\n"
,
$
k+=
1
,
2
,
0
.
0
,
1
,
$
re_sigma
,
$
bond_x
,
$
bond_y
,
$
bond_z
);
printf
(
"%i %i %f %i %f %f %f %f\n"
,
$
k+=
1
,
2
,
0
.
0
,
-
1
,
$
re_sigma
,
$
bond_x
,
$
bond_y
,
$
bond_z
);
}
}
}
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