# some paths
## directories
results_dir='results/10xgenomics_PBMC_5k'
data_dir='data/10xgenomics_PBMC_5k/'
## input
file_bed=$data_dir'/myc_motifs_10e-6.bed'
file_bam_open="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_30-84bp.bam"
file_bai_open="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_30-84bp.bam.bai"
file_bam_1nucl="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_133-266bp.bam"
file_bai_1nucl="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_133-266bp.bam.bai"
file_bam_2nucl="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_341-500bp.bam"
file_bai_2nucl="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_341-500bp.bam.bai"
file_bam_1nucl2="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_341-500bp_splitintwo.bam"
file_bai_1nucl2="$data_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_341-500bp_splitintwo.bam.bai"

mkdir -p $results_dir

# matrix creation
## open chromatin around myc motif
for method in 'read' 'read_atac' 'fragment'
do
	file_mat_open_1="$results_dir/myc_motifs_10e-6_open_bin1bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_open --bai $file_bai_open --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_open_1
	file_mat_open_2="$results_dir/myc_motifs_10e-6_open_bin2bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_open --bai $file_bai_open --from -400 --to 400   --binSize 2  --method $method > $file_mat_open_2
	file_mat_open_10="$results_dir/myc_motifs_10e-6_open_bin10bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_open --bai $file_bai_open --from -1000 --to 1000 --binSize 10 --method $method > $file_mat_open_10
done

## mono around myc motif
for method in 'read' 'fragment' 'fragment_center'
do
	### mono nucleosomes
	file_mat_1nucl_1="$results_dir/myc_motifs_10e-6_1nucl_bin1bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl --bai $file_bai_1nucl --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_1nucl_1
	file_mat_1nucl_2="$results_dir/myc_motifs_10e-6_1nucl_bin2bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl --bai $file_bai_1nucl --from -400 --to 400   --binSize 2  --method $method > $file_mat_1nucl_2
	file_mat_1nucl_10="$results_dir/myc_motifs_10e-6_1nucl_bin10bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl --bai $file_bai_1nucl --from -1000 --to 1000 --binSize 10 --method $method > $file_mat_1nucl_10
done


## di nucleosomes around myc motif
for method in 'read' 'fragment' 'fragment_center'
do
	### di nucleosomes
	file_mat_2nucl_1="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nucl_bin1bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_2nucl --bai $file_bai_2nucl --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_2nucl_1
	file_mat_2nucl_2="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nucl_bin2bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_2nucl --bai $file_bai_2nucl --from -400 --to 400   --binSize 2  --method $method > $file_mat_2nucl_2
	file_mat_2nucl_10="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nucl_bin10bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_2nucl --bai $file_bai_2nucl --from -1000 --to 1000 --binSize 10 --method $method > $file_mat_2nucl_10
done


## mono nucleosomes from processed di-nucleosome data around myc motif
for method in 'read' 'fragment' 'fragment_center'
do
	### mono nucleosomes
	file_mat_1nucl_1="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nuclsplitintwo_bin1bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl2 --bai $file_bai_1nucl2 --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_1nucl_1
	file_mat_1nucl_2="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nuclsplitintwo_bin2bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl2 --bai $file_bai_1nucl2 --from -400 --to 400   --binSize 2  --method $method > $file_mat_1nucl_2
	file_mat_1nucl_10="$results_dir/myc_motifs_10e-6_2nuclsplitintwo_bin10bp_$method.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_1nucl2 --bai $file_bai_1nucl2 --from -1000 --to 1000 --binSize 10 --method $method > $file_mat_1nucl_10
done