# some paths
## directories
results_dir='data/10xgenomics_PBMC_5k_motifs'
read_dir="data/10xgenomics_PBMC_5k"
seq_dir="data/genomes"
## input
file_bed_ctcf=$read_dir'/ctcf_motifs_10e-6_rmsk.bed'
file_bed_myc=$read_dir'/myc_motifs_10e-6_rmsk.bed'
file_bed=$read_dir'/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_rmsk.bed'
file_bam_open="$read_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_30-84bp.bam"
file_bai_open="$read_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_30-84bp.bam.bai"
file_bam_nucl="$read_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_nucleosomes.bam"
file_bai_nucl="$read_dir/atac_v1_pbmc_5k_possorted_filtered_nucleosomes.bam.bai"
file_hg19="$seq_dir/hg19.fasta"
file_rmsk="$seq_dir/hg19_rmsk.bed"

mkdir -p $results_dir

# merge 5000 CTCF peaks and 2000 myc peaks
touch $file_bed
shuf $file_bed_ctcf | head -n 2000 >> $file_bed
shuf $file_bed_myc  | head -n 2000 >> $file_bed

# matrix creation
## sequences and sequenced repeat masked
file_mat_seq="$results_dir/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk.mat"
bin/SequenceMatrixCreator --bed $file_bed --fasta $file_hg19 --from -400 --to 400 > $file_mat_seq

## open chromatin around motifs
for method in 'read_atac'
do
	file_mat_open_1="$results_dir/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_open_bin1bp_"$method"_rmsk.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_open --bai $file_bai_open --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_open_1
done

## all nucleosomes around motifs
for method in 'fragment_center'
do
	### mono nucleosomes
	file_mat_nucl_1="$results_dir/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_nucleosomes_bin1bp_"$method"_rmsk.mat"
	bin/CorrelationMatrixCreator --bed $file_bed --bam $file_bam_nucl --bai $file_bai_nucl --from -400 --to 400   --binSize 1  --method $method > $file_mat_nucl_1
done