# some paths
## directories
results_dir='results/10xgenomics_PBMC_5k_motifs_classification_7'
data_dir='data/10xgenomics_PBMC_5k_motifs'
## input
file_mat_seq="$data_dir/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk.mat"

## file with seeds
file_seed=$results_dir'/ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_seed.txt'

mkdir -p $results_dir
touch $file_seed

# parameters
n_iter='200'
n_shift1='1'
n_shift2='771'
n_core=32

# sequences
for i in {1..10}
do
	for k in 2 3 4 5 6
	do
		# without shift
		seed=$(< /dev/urandom tr -dc _A-Z-a-z-0-9 | head -c${1:-15};echo)
		file_prob=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_prob_'$i'.mat4d'
		file_prob2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_prob_'$i'.txt'
		file_mod=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_model_'$i'.mat'
		echo "$file_prob $seed" >> $file_seed
		bin/EMSequence  --seq $file_mat_seq --class $k --shift $n_shift1 --flip --iter $n_iter --seed $seed --thread 10 --out $file_prob
		bin/ProbToModel --seq $file_mat_seq --prob $file_prob --thread 10 1> $file_mod
		bin/MatrixBinToTxt --file $file_prob --type double --ndim 4 > $file_prob2

		# with shift
		seed=$(< /dev/urandom tr -dc _A-Z-a-z-0-9 | head -c${1:-15};echo)
		file_prob=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6__sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_prob_'$i'.mat4d'
		file_prob2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_prob_'$i'.txt'
		file_mod=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_model_'$i'.mat'
		echo "$file_prob $seed" >> $file_seed
		bin/EMSequence  --seq $file_mat_seq --class $k --shift $n_shift2 --flip --iter $n_iter --seed $seed --thread 32 --out $file_prob
		bin/ProbToModel --seq $file_mat_seq --prob $file_prob --thread 32 1> $file_mod
		bin/MatrixBinToTxt --file $file_prob --type double --ndim 4 > $file_prob2
	done
done


# with shift
file_prob=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6__sequences_rmsk_10class_771shift_prob_kmer.mat4d'
file_prob2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_10class_771shift_prob_kmer.txt'
file_mod=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_myc_motifs_10e-6_sequences_rmsk_10class_771shift_model_kmer.mat'
bin/EMSequence  --seq $file_mat_seq --class 10 --shift 771 --flip --iter 100 --thread 32 --out $file_prob
bin/ProbToModel --seq $file_mat_seq --prob $file_prob --thread 32 1> $file_mod
bin/MatrixBinToTxt --file $file_prob --type double --ndim 4 > $file_prob2