# some paths
## directories
results_dir='results/10xgenomics_PBMC_5k_motifs_classification_6'
data_dir='data/10xgenomics_PBMC_5k_motifs'
## input
file_mat_seq="$data_dir/ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_sequences_rmsk.mat"
file_mat_open="$data_dir/ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk.mat"
file_mat_nucl="$data_dir/ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_nucleosomes_bin1bp_fragment_center_rmsk.mat"

## file with seeds
file_seed=$results_dir'/ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_seed.txt'

mkdir -p $results_dir
touch $file_seed

# parameters
n_iter='20'
n_shift1='1'
n_shift2='21'
n_core=32

# open chromatin
for i in {1..10}
do
	for k in 2 3 4 5 6
	do
		# without shift
		seed=$(< /dev/urandom tr -dc _A-Z-a-z-0-9 | head -c${1:-15};echo)
		file_prob=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_prob_'$i'.mat4d'
		file_prob2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_prob_'$i'.txt'
		file_mod1=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_model_'$i'.mat'
		file_mod2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_nucleosomes_bin1bp_fragment_center_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_model_'$i'.mat'
		file_mod3=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift1'shift_model_'$i'.mat'
		echo "$file_prob $seed" >> $file_seed
		bin/EMRead      --read $file_mat_seq --class $k --shift $n_shift1 --flip --iter $n_iter --seed $seed --thread $n_core --out $file_prob
		bin/ProbToModel --read $file_mat_open --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod1
		bin/ProbToModel --read $file_mat_nucl --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod2
		bin/ProbToModel --seq  $file_mat_seq  --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod3
		bin/MatrixBinToTxt --file $file_prob --type double --ndim 4 > $file_prob2

		# with shift
		seed=$(< /dev/urandom tr -dc _A-Z-a-z-0-9 | head -c${1:-15};echo)
		file_prob=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_prob_'$i'.mat4d'
		file_prob2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_prob_'$i'.txt'
		file_mod1=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_open_bin1bp_read_atac_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_model_'$i'.mat'
		file_mod2=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_nucleosomes_bin1bp_fragment_center_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_model_'$i'.mat'
		file_mod3=$results_dir/'ctcf_motifs_10e-6_sp1_motifs_10e-7_sequences_rmsk_'$k'class_'$n_shift2'shift_model_'$i'.mat'
		echo "$file_prob $seed" >> $file_seed
		bin/EMRead      --read $file_mat_seq --class $k --shift $n_shift2 --flip --iter $n_iter --seed $seed --thread $n_core --out $file_prob
		bin/ProbToModel --read $file_mat_open --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod1
		bin/ProbToModel --read $file_mat_nucl --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod2
		bin/ProbToModel --seq  $file_mat_seq  --prob $file_prob --thread $n_core 1> $file_mod3
		bin/MatrixBinToTxt --file $file_prob --type double --ndim 4 > $file_prob2
	done
done