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pltvars.py
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# -*- coding: utf-8 -*-
# @Author: Theo Lemaire
# @Date: 2017-08-21 14:33:36
# @Last Modified by: Theo Lemaire
# @Last Modified time: 2017-08-23 14:15:34
''' Dictionary of plotting settings for output variables of the model. '''
pltvars = {
't': {
'desc': 'time',
'label': 'time',
'unit': 'ms',
'factor': 1e3,
'onset': 3e-3
},
'Z': {
'desc': 'leaflets deflection',
'label': 'Z',
'unit': 'nm',
'factor': 1e9,
'min': -1.0,
'max': 10.0
},
'ng': {
'desc': 'gas content',
'label': 'gas',
'unit': '10^{-22}\ mol',
'factor': 1e22,
'min': 1.0,
'max': 15.0
},
'Pac': {
'desc': 'acoustic pressure',
'label': 'P_{AC}',
'unit': 'kPa',
'factor': 1e-3,
'alias': 'bls.Pacoustic(t, Adrive * states, Fdrive)'
},
'Pmavg': {
'desc': 'average intermolecular pressure',
'label': 'P_M',
'unit': 'kPa',
'factor': 1e-3,
'alias': 'bls.PMavgpred(data["Z"])'
},
'Telastic': {
'desc': 'leaflet elastic tension',
'label': 'T_E',
'unit': 'mN/m',
'factor': 1e3,
'alias': 'bls.TEleaflet(data["Z"])'
},
'Qm': {
'desc': 'charge density',
'label': 'Q_m',
'unit': 'nC/cm^2',
'factor': 1e5,
'min': -100,
'max': 50
},
'Cm': {
'desc': 'membrane capacitance',
'label': 'C_m',
'unit': 'uF/cm^2',
'factor': 1e2,
'min': 0.0,
'max': 1.5,
'alias': 'np.array([bls.Capct(ZZ) for ZZ in data["Z"]])'
},
'Vm': {
'desc': 'membrane potential',
'label': 'V_m',
'unit': 'mV',
'factor': 1e3,
'alias': 'data["Qm"] / np.array([bls.Capct(ZZ) for ZZ in data["Z"]])'
},
'iL': {
'desc': 'leakage current',
'label': 'I_L',
'unit': 'mA/cm^2',
'factor': 1,
'alias': 'neuron.currL(data["Qm"] * 1e3 / np.array([bls.Capct(ZZ) for ZZ in data["Z"]]))'
},
'm': {
'desc': 'iNa activation gate opening',
'label': 'm-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'h': {
'desc': 'iNa inactivation gate opening',
'label': 'h-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'n': {
'desc': 'iK activation gate opening',
'label': 'n-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'p': {
'desc': 'iM activation gate opening',
'label': 'p-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
's': {
'desc': 'iCa activation gates opening',
'label': 's-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'u': {
'desc': 'iCa inactivation gates opening',
'label': 'u-gate',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'O': {
'desc': 'iH activation gate opening',
'label': 'O',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'OL': {
'desc': 'iH activation gate locked-opening',
'label': 'O_L',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1,
'alias': '1 - data["O"] - data["C"]'
},
'P0': {
'desc': 'iH regulating factor activation',
'label': 'P_0',
'unit': None,
'factor': 1,
'min': -0.1,
'max': 1.1
},
'C_Ca': {
'desc': 'sumbmembrane Ca2+ concentration',
'label': '[Ca^{2+}]_i',
'unit': 'uM',
'factor': 1e6,
'min': 0,
'max': 150.0
},
'C_Na_arb': {
'key': 'C_Na',
'desc': 'submembrane Na+ concentration',
'label': '[Na^+]',
'unit': 'arb.',
'factor': 1
},
'C_Na_arb_activation': {
'key': 'A_Na',
'desc': 'Na+ dependent PumpNa current activation',
'label': 'A_{Na^+}',
'unit': 'arb',
'factor': 1
},
'C_Ca_arb': {
'key': 'C_Ca',
'desc': 'submembrane Ca2+ concentration',
'label': '[Ca^{2+}]',
'unit': 'arb.',
'factor': 1
},
'C_Ca_arb_activation': {
'key': 'A_Ca',
'desc': 'Ca2+ dependent Potassium current activation',
'label': 'A_{Na^{2+}}',
'unit': 'arb',
'factor': 1
},
'VL': {
'constant': 'neuron.VL',
'desc': 'non-specific leakage current resting potential',
'label': 'A_{Na^{2+}}',
'unit': 'mV',
'factor': 1e0
},
'Veff': {
'key': 'V',
'desc': 'effective membrane potential',
'label': 'V_{m, eff}',
'unit': 'mV',
'factor': 1e0
},
'alpham': {
'desc': 'iNa m-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{m,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betam': {
'desc': 'iNa m-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{m,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'alphah': {
'desc': 'iNa h-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{h,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betah': {
'desc': 'iNa h-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{h,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'alphan': {
'desc': 'iK n-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{n,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betan': {
'desc': 'iK n-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{n,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'alphap': {
'desc': 'iM p-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{p,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betap': {
'desc': 'iM p-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{p,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'alphas': {
'desc': 'iT s-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{s,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betas': {
'desc': 'iT s-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{s,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'alphau': {
'desc': 'iT u-gate activation rate',
'label': '\\alpha_{u,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
},
'betau': {
'desc': 'iT u-gate inactivation rate',
'label': '\\beta_{u,\ eff}',
'unit': 'ms^-1',
'factor': 1e-3
}
}
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